保険医療機関とは、保険証を提示することによって保険の適用を受けることができる医療機関のことです。
保険診療を行っている病院や診療所はこの「保健医療機関」の指定を受けています。指定を受けるためには、医療機関の所在地を管轄する地方厚生局長に必要書類を提出して指定を受けます。
これに対して「保険医療機関ではない医療機関」は、「100%自由診療の医療機関」ということですので、例えば「美容専門の皮膚科」「セカンドオピニオン専門のクリニック」などがあります。こちらは、医師による診察を行っていますが、「保険医療機関」としての指定を受けていないために、診察の費用は100%自己負担になり、またその料金も医療機関側が自由に設定して患者が支払うことになります。