強毒菌とは、菌そのものの病原性が強い菌。

腸管内においては，病原性大腸菌を除くすべての大腸菌は無害だが，腸管外では強毒菌となります。また，ＭＲＳＡは腸管内において有害となりうる〔→メチシリン耐性黄色ブドウ球菌〕。　グラム陽性菌の強毒菌としては，連鎖球菌，肺炎球菌，ブドウ球菌，炭疸菌，破傷風菌，ガス壊疸菌，結核菌，ジフテリア菌，放線菌がある。グラム陰性菌の強毒菌には，大腸菌，赤痢菌，サルモネラ菌，ベスト菌，コレラ菌，百[]咳菌，腸炎ビブリオ菌，軟性下瘤菌，インフルエンザ菌，淋菌がある。