性同一性障害とは、生来，肉体の性と精神的な性が一致しない状態。

生物学的には完全に正常であり，しかも自分の肉体がどちらの性別に属しているかをはっきり認識していながら，人格的には自分は別の性に属していると確信している状態，と定義されている。　性転換を行う手術は性別適合手術と呼ばれ,1998年に埼玉医科大学倫理委員会が承認し，実施されたのが公式には国内初とされる。診断と治療に当たってガイドラインが制定され，身体的性別の判定，ジェンダー・アイデンティティの決定(特に，反対の性に対する持続的な違和感)，さらに精神障害や社会的・文化的理由による忌避などではないとする除外診断などによって，治療適応が判断される。　なお，現在はＧＩＤによる戸籍変更が可能になっている。