持分のある社団医療法人とは、医療法人を設立するときに出資した額（割合）によって、解散や退社するときに利益剰余金を出資割合に応じて受け取ることができる医療法人です。

このような「持分のある社団医療法人」は平成１９年以降はあらたに設立することができなくなりました。ですので現在設立できるのは、「持分のない社団医療法人」となります。　

この「持分のない社団医療法人」が解散をした場合には、出資した額は受け取る権利がありますが、そのほかの利益剰余金については国に譲渡することになっています。ですが、ある出資者の勤務期間によっては退職金をそれなりの金額を受け取ることができたり、積立型の保険で社員が受け取る方法もあり、対策を講じておけばすべてを国に譲渡するということにはなりません。