認定遺伝カウンセラーとは、日本遺伝カウンセリング学会と日本人類遺伝学会が共同認定する資格制度。

臨床遺伝専門医と協力し，遺伝病の患者・家族の立場を尊重した心理的・社会的な援助や，患者・家族が検査や治療法等を自律的に決定できるよう支援する専門職を養成するため，2005年４月から正式に開始された。2010年現在までに同資格を取得した者は102名で，設置している医療機関も少ないが，両学会では10年で300人の養成を目指すとしている。現在９大学が遺伝カウンセラー養成課程を大学院に設置しており，同課程で遺伝学やカウンセリング法などを学び修了した者に受験資格が与えられる。養成課程への入学資格は大学によって異なる。