細菌顕微鏡検査とは、体内から採取した血液や排泄物などを顕微鏡で観察し，その中にいる細菌の種類を調べる検査。細菌の種類は特定できますが，感染症の原因となります細菌までは特定できない。　

検査方法は検体（検査の対象となりますもの）をスライドグラスにとり（塗抹）乾燥させ，火にかざす。それから染色液で染色を行い，水洗して乾燥させる。検体によってはその中に常に存在する細菌（常在菌）があるので，診断には注意が必要である。細菌の種類を早急に確認したいときに行われる。