無菌製剤処理とは、無菌室・クリーンペンチ等の無菌環境で，無菌（滅菌）ｲﾋした器具を使用して行う製剤処理。

医療機関では，中心静脈注射，点滴注射または埋込み型カテーテルによる中心静脈栄養の際に行われる。２名以上の常勤の薬剤師がいること，専用の部屋（5・以上）を有する，などの施設基準を満たした保険医療機関で，無菌製剤処理が行われた場合に無菌製剤処理料が算定できる。