特別療養費とは、被保険者資格証明書（保険料滞納などによって返還された被保険者証に代えて交付される）で受診した患者が医療費全額を自己負担した場合，その後申請することで，医療費自己負担分を除いた額を特別療養費として払い戻す制度のこと。

保険医療機関では，診療報酬の請求については，レセプトの上部に「特別療養費」と朱書するなど，一般のレセプトとの区別が必要となる。