薬価とは、薬や医療材料などの公定価格で、医療機関は診療の中で患者に提供した金額を保険適用内であれば診療報酬基金に請求してその代金を受け取ることができる。

薬価の単位は「点」で１点＝１０円です。

医療機関は、医薬品や医療材料を医薬品卸や医療機器卸から購入して診療に使用するのですが、薬価がつけられている医薬品や医療材料の購入価格は通常は「薬価の○○％引き」という価格になります。例えば、1,000円（100点）の医療材料があって20％引きであれば、800円＋80円（消費税10％の場合）で購入することができます。この医療材料を診療で使用した場合は医療機関は1,000円で診療報酬基金に請求します。（患者負担が３割の人は300円を患者から預かり残り700円が診療報酬基金から入金されます）よって、この医療材料の病院の利益（薬価差益）は120円ということになります。

厚生労働省としては本来は薬価差益を医療機関が受け取ることを良しとしていません。それは、この薬価差益があることによって利益をさらに出そうと過剰な薬品や医療材料の使用がされるという懸念があるからです。

また、医療機関が購入するときには消費税を支払いますが、請求するときには消費税は転化できないことから、消費税が増税になると医療機関の利益減少に直結するということも医療機関側からは問題視されています。