院内感染とは、医療施設内で患者あるいは医療従事者が感染症に感染・発症すること。かつては伝染病などが主要な対象だったが，治療法の発達などによって大腸菌や縁膿菌といった常在菌まで対象が広がり（日和見感染），近年では抗生剤の過剰投与などによって多剤耐性の病原菌が出現し，深刻な問題となっている（ＭＲＳＡ，ＶＲＥ等）。

現在，結核感染の症例も増えている。耐性菌は，医療従事者をはじめ，患者とその家族，医療器具や食器など，医療機関内のあらゆる人と物が媒介となる（交差感染）。それだけに日常的な予防管理を十分に行わなくてはならない。