自己免疫疾患とは、体内における免疫の仕組みが異常な状態になることで起こる疾患の総称。体内へ異物が侵入した場合に異物の攻撃から守る仕組みを免疫系と呼ぶ。

免疫系が何らかの原因で正常に働かなくなり，自己に対する抗体（自己抗体）が発生し，自分の組織に対して攻撃する状態を自己アレルギーと呼び，様々な症状が出た場合を自己免疫疾患と呼ぶ。症状は多種多様のため，ときとして不定愁訴と扱われることがある。　全身性疾患で特定の臓器に発症しない臓器非特異的自己免疫疾患と，特定の臓器に発症する臓器特異的自己免疫疾患に分かれる。前者には，関節リウマチや全身性エリテマトーデス，混合性結合組織病などがあり，後者には，橋本病，多発性硬化症，特発既血小板減少性紫斑病などがある。