指定感染症とは、感染症法に定める感染症の分類の一つで、一類～三類感染症または新型インフルエンザ等感染症に分類されない既知の感染症の疾病で、緊急の対応の必要が生じた場合に政令でさだめるものです。

１年間に限り一類～三類感染症に準じた対応を行います。
指定感染症に定められると、都道府県は患者ごとに厚生労働省の指導を受ける必要がなくなり、迅速な対応が必要になります。また、入院時には公費負担医療が適用されます。

過去の例では、2003年にＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）が、2006年に高病原性鳥インフルエンザが政令指定を受けました。