控除対象外消費税問題とは、公共性の観点から保険診療では消費税は非課税となっているが，そのため医療機関が業者から設備・医薬品等を購入する際に支払う消費税が控除対象とならずに，全額が医療機関の負担（担税）となり，多くの医療機関の経営を圧迫している問題のこと。

日本医師会によると，医療機関の控除対象外消費税（損税）の負担は推計で2330億円（2010年度）にのぼり，診療報酬総額の２％を上回る額となる。これまで，1989年，1997年の診療報酬改定での合計1.53％のプラス改定が控除対象外消費税の補填分とされてきたが，それだけでは不十分として，かねてから日本医師会などが，保険診療へのゼロ税率導入などによる問題解決を要望している。