特定病原体とは、感染症法の2006年12月改正で新設された，病原体の類型。

生物テロや事故による感染症の発生・蔓延を防止するため，病原体等の管理体制の確立を目的に，病原体の所持・輸入等の禁止，許可の条件，所持者の義務等が定められている。一種病原体等から四種病原体等まで分類され，一種病原体等は痘そうウイルス，クリミア・コンゴ出血熱ウイルスなど，二種病原体等はペスト菌，ボッリヌス菌，炭疸菌など，三種病原体等は多剤耐性結核菌，狂犬病ウイルスなど，四種病原体等は腸管出血性大腸菌，コレラ菌，黄熟ウイルスなどが指定されている。