直接審査とは、保険者が医療機関，調剤薬局等と直接契約してレセプトの審査や支払いをすること。

現状では，保険者が社会保険診療報酬支払基金や国民健康保険団体連合会に手数料を支払って審査支払業務を委託していることがほとんどだが，調剤レセプトについては，合意した調剤薬局との問で直接審査を実際に始めている保険者が増えている。

また，保険者の調剤レセプト直接審査支払業務を支援する民間企業もある。直接審査のメリットとして，服薬状況の把握で健康管理ができること，手数料の削減，過払いの発見につながる等がある。